在香菇栽培的全过程中，极不适宜的环境条件或其他生物侵染严重影响香菇的生长发育，从而降低香菇产量或产品质量。这种现象被称为香菇病虫害。香菇菌丝体或子实体病的直接原因称为病原学。病因可分为感染性疾病和非传染性疾病。非传染性疾病是由环境因素引起的，是非生物性的生理性疾病；传染病是由各种病原生物入侵引起的，包括各种真菌、细菌、病毒和线虫。传染病是一种传染性疾病，它对香菇菌丝体或子实体产生竞争性营养或毒性作用。一些入侵生物不仅可以争夺营养，还可以排泄毒素造成毒性作用。常见病虫害为菌丝培养阶段竞争性混合菌，如链霉菌、青霉、黄曲霉、木聚糖酶等；香菇在贮藏过程中，菌丝或鲜子实体被白蚁、线虫、蛞蝓、谷蛾、偷粮贼等破坏。